Kunnskap i det små, del 2: Frå kreft til protein

Her er andre del av den spennande mandagskafeen i vitskapsteori. Det er nesten så ein kan kalle k.west bloggen for "Din vitskapsteoretiske on-line resource"!

Ein kan jo først spørje seg: kvifor er ein oppteken av å finne ut av korleis protein vert laga, altså det som kallast proteinsyntese? Har Fedon noko med det å gjere? Svaret er: nei, Fedon har ingen ting med det å gjere. Kroppen sine celler inneheld mykje protein, som har som oppgåve å få ting til å gå rundt. Proteina held oppe cellemembranen, festar cellene til andre celler, tek imot ulike signal, og verkar som katalysatorar for ulike kjemiske reaksjonar. Dei proteina som er slike katalysatorar, kallar vi enzym. Kor mykje dei visste av dette på slutten av 40-talet, er eg ikkje heilt sikker på. Men dei visste at celler har eit arvestoff. Det dei ikkje visste, og som vi veit i dag, er at DNA er arvestoffet, RNA overfører informasjon frå DNA til eit ribosom, som frå denne informasjonen bygger eit protein. Dei fleste gen kodar for protein, og proteina utfører så det meste i kroppen. På denne tida var ikkje DNA-strukturen klar, og mykje låg i mørket.

Zamecnik var vel eigentlig sponsa av den amerikanske kreftforeninga. Han tenkte at eit av kjenneteikna med kreft er at kreftcellene har ein unormal vekst. Vidare visste han at vekstregulering er knytta til cella si evne til å lage protein. Modellsystemet ein ville bruke til dette, var rottelever som var most slik at alt inne i cella var fritt i løysinga - eit sokalla rotte-lever homogenat. Dette homogenatet vil så inneholde millionar av ulike typar partiklar, og ein er ute etter å finne akkurat dei partiklane som trengs i ein spesifik kjemisk reaksjon. Det ein må gjere då, er å dele dette homogenatet opp på ein organisert måte, etter ulike eigenskaper til partiklane. Slike eigenskaper er typisk størrelse, løysingsevne i ulike løysemiddel, vekt, kjemisk ladning etc.

Ein ny teknikk som mogleggjorde dette, var ultracentrifuga. Det er ei senntrifuge som roterar svært kjapt, feks. 75.000 rotasjonar per minutt. Det ein her kunne gjere, var å setje homogenatet på ei løysing av sukrose, altså ei svært tjukk og seig sukkerlake, også ultrasentrifugere dette. Det som då vil skje er at ulike partiklar i homogenatet vert pressa ned i sukrosen, men dei tyngste partiklane vil gå lengst ned i sukrosen , og dei minste partiklane vil gå kortast (illustrert på figuren til høgre).

Slik fekk ein delt homogenatet opp i fleire ulike delar - fraksjonar. Vidare hadde ein funne ein måte å måle når det vart laga nye protein, ved å bruke aminosyrer som var radioaktive. Fekk ein laga nytt protein, ville ein kunne måle det radioaktivt. Ein freista slik å kombinere dei ulike fraksjonane av homogenatet saman med radioaktive aminosyrer (dette vart blanda i ulike røyr på labbenken sokalla in vitro, altså utanfor organisma sjølv), for slik å sjå når ein fekk laga nytt protein. Men også etter ultrasentrifugeringa inneholdt kvar fraksjon hundrevis av ulike protein. Identiteten til dei ulike komponentane i proteinsyntesa hadde ein enda ikkje fått. Men ein var på veg, og ein freista å lage eksperiment som skulle avdekke desse nye og enda ukjente partiklane. Kreftforskninga danna enda ein del av bakteppet for forskininga, men jakta på proteinsyntesa levde meir og meir sitt eige liv: målet skifta frå å vere ein brikke i kreftgåta, til å verte jakta på proteinsyntesa.

Som ein nevnte sist, kan ein ikkje sjå eit protein, men ein kan sirkle det inn ganske godt, gjennom ulike instument, og ulike tekniske nyvinningar, som ultrasentrifuga, radioaktive aminosyrer, og også kraftige mikroskop. Og så langt i prosessen hadde dei sirkla inn noko dei kalla mikrosom. Dette var ein fraksjon som var nødvendig for å få nye, radioaktive protein in vitro). Mikrosoma var karakterisert ved ein viss størrelse, basert på sentrifugeringa. Ellers visste ein ikkje så mykje. I tillegg trengdes det andre komponentar, som energi i form av ATP, og andre homogenat-fraksjonar, som var karakterisert av ulike eigenskaper.

Verdt å legge merke til, er at desse ulike faktorane, som no byrja å teikne seg ut, var karakterisert ved korleis dei oppførte seg i høve til dei tekniske hjelpemiddela ein nytte til å sirkle dei inn - korleis dei var representert i det eksperimentelle systemet. Men framleis jobba ein med polvottar i celle-land. Meir om det neste gong.

Følg med neste mandag!

Kunnskap i det små, del 1: introduksjon

Her kjem ein ny føljetong på k. west-bloggen, denne gongen om vitskapsteori. Dette var eigentlig meint å vere eit blog-innlegg, men det viste seg å trekke ut, så vi delar det litt opp. Kvar mandag litt framover kjem nye godbitar. God fornøyelse!

Eg vil no skrive litt om eit emne som for dei aller fleste er dobbelt opp ukjent, men som ikkje er mindre spennande av den grunn. Det er snakk om
i) Molekylærbiologi: biologi som omhandlar dei biologiske makromolekyla, då serlig protein og DNA, samt ulike ting og prosessar inne i cella. Dette har relevans for for eksempel kreft, eller korleis kroppen reagerer på miljøgifter, med meir.
ii) Epistemologi: fint filosofisk ord for læra om tilegning av kunnskap - kunnskapsteori. Dette har relevans for for eksempel skilnad mellom ulike typer kunnskap (alternativ medisin/skulemedisin for eksempel), eller korleis ein ser på den kunnskapen ein har (er det evige sanningar, eller er det synspunkt som kan skiftast ut etter kvart som ein finn ut meir, for eksempel).

Når ein kombinerer desse får ein
iii) Molekylærbiologien sin epistemologi. Det vil seie, korleis tilegnar ein seg kunnskap i molekylærbiologi?

Likning 1: i) + ii) = iii)

Såh, er det eit problem? Ja, der er vel eit og anna å ta tak i. Har du sett eit molekyl nokon gong, for eksempel? Med berre auget? Ikkje det, nei. Korleis kan du då vete at det er der? Gjennom ulike eksperiment, som gjensidig støttar opp om at der er det aktuelle molekylet (titrering, samt felling eller noko slikt kanskje?). Då er vi på sporet! For det er ikkje molekylet i seg sjølv du ser i eksperimentet, men spor av molekylet, som teiknar seg som ein representasjon av molekylet - nett som om eit menneske går i våt sement, så set det spor - spor av mennesket, i sement - ein type representasjon. Men det er ikkje mennesket i seg sjølv i avtrykket i sementen. Så kva kan ein då seie om mennesket som gjekk der? Hårfarge? Tja...

Bakgrunnen for dette er Hans-Jörg Rheinberger si bok med den fengande tittelen Towards a history of epistemic things - Synthesizing proteins in the test tube. Det ein skal prøve å gjere her, er å forenkle det litt, både for sin eigen del, og fordi det ville vore tilnærma meiningslaust å skrive det om ein ikkje forenkla det litt. Kvifor er dette ei bra bok? Først og fremst fordi den gir ei innføring i to smale og vanskelige emner, i) & ii), der resultatet vert iii). Dette gjer han slik:

- Molekylærbiologien utvikla seg for alvor på 50-talet. Mange har kanskje høyrt om Watson og Crick, som viste DNA-strukturen. Paralellt med dette gikk arbeidet med å finne ut korleis protein vert laga. Nedanfor er ein figur som viser korleis informasjon frå arvestoffet (DNA) vert overført med RNA, til at protein vert laga frå oppskrifta i DNA. Proteina er dei som utfører det meste i kroppen. Men dette var på ingen måte sjølvsagt for 50 år sidan. Ribosoma (som de ser på figuren), var det Paul C. Zamenick var oppteken av. Han forska på korleis ribosoma var samansette, og etterkvart, korleis dei produserte nye protein. Rheinberger har her gått i notatbøker, artiklar, journalar, samt intervjua dei aktuelle forskerane, med det mål for auge å få eit inntrykk av korleis ein jobba når alt det vi veit i dag, enda var ukjent. Korleis fanga forskerane opp dei nye og ukjende partiklane som vi i dag kjenner frå lærebøker?


- Rheinberger freistar å nytte filosofar som Bruno Latour og Jaques Derrida. Eg sjølv er ikkje nokon filosofi-ekspert, og når Derrida samtidig vert omtalt som "Veldig interessant, men nesten umogleg å forstå", så held eg meg til det som Rheinberg trekk inn. Sin måte å gjere historie-undersøkelse på, som eg nevnte, ved å freiste å ikkje sjå på hendingane i lys av ettertida, har han frå Focault sin filosofiske arkeologi. Franske filosofar har forresten eit formidlingsproblem, men det er jo berre mi meining. Rheinberg klarer iallefall å gjere desse forståelige til ei viss grad. Han har ikkje eit formidlingsproblem (tysk?).

iii) Målet med boka er, seier Rheinberger, å sjå korleis molekylærbiologien tilegnar seg viten gjennom "eksperimentelle system", og korleis slike system er utforma til å fange opp heilt nye og ukjende ting. Dette gjer han ved å sjå på Zamenick sin forskningsprosess med franske briller. Vidare er han interessert i å sjå på korleis dette eksperimentelle utgangspunktet påverkar kunnskapen vi får.

På sporet av den tapte tid VIII: Fangen

Hmm, eg ser det er ei stund sidan forrige post i denne føljetongen. Ver ei redde, det går framover. Og ein er på god veg til å verte ferdig.

"Fangen" er vel den til no lengste enkeltdelen i serien, der hovedtemaet er Marcel sitt kjærleiksforhold til Albertine. Albertine har flytta inn på eit rom i leiligheta til Marcel (han avslører seg langt på veg med navn i dette bindet), og Marcel nagast av sjalusi og usikkerheit grunna hennar Gomorriske tendensar, og hennar spinnvev av unnskyldinger. Dette vert svært slitsomt for hans følsomme sinn, men samtidig det som gir næring til hans kjærleik til ho: så lenge han ikkje kan føle seg sikker på at ho er hans, har han eit begjær om å få ho. Dette resulterer i eit utbygd overvåkingssystem og kontrollregime. For å vege opp for dette, og gjere hennar fengsel litt vakrare, kjøper han henne mengder av kjolar og andre ting (eit velkjent triks?). Sjølv verker Marcel etter å oppleve verda; han vil reise til Venetzia, ta for seg av det motsette kjønn, og vere fri. Han er også fanga i dette betente forholdet mellom seg og Albertine.

Vidare er den aristokratiske salongen, tidligare representert ved familien Guernantes, kome i bakgrunnen til fordel for den borgerlige salongen, representert ved den noko enfoldige Madame Verdurin.

I tillegg er det i dette bindet ein opplever at ein person døyr, for så nokre sider seinare å leve som ingen ting har skjedd (slikt skjer når ein skriv for lange bøker).

Ellers kan ein finne ei litteraturteoretisk utlegning i slutten av bindet, som er ganske spennande, der Proust snakkar om Dostojevskij, Hardy og andre. Her seier han mellom anna at kvar forfattar aldri har skrive meir enn eit verk, men at dei ulike bøkene berre gjenspeilar denne skjønnheita dei bringer inn i verda i ulike sjatteringar og omgivnader. Ja, så kvifor ikkje berre skrive ei veldig lang bok?


Neste: uten Albertine

Mann, igjen...

Torsdag var eg på Studentersamfunnet i Bergen sin debatt " Har mannen tapt kjønnskampen?". Debatten dreia kring Runar Døving sin kronikk i Aftenposten. Då eg først las denne kronikken, syntest eg den inneholdt nokre gode, og nokre drøye påstandar, og kronikken utløyste eit rabalder i ettertid. Også denne helga har debattane gått heftig om dette i redaksjonen sin omgangskrins.

Personlig vart eg overtyda av Døving i svært mange ting - eg har ikkje tenkt å gå inn på det i detalj nett no. Det eg her vil ha fram er for det første: mannskamp, eller kjønnskamp er ein terminologi som gir dårlig utgangspunkt for ein god debatt. Så det legg vi til side. Det andre: kvinnekampen har avkledd mange maktstrukturar. Dette har vore til det gode. Likeeins vil ein, om ein er oppteken av roller og makt, etterstrebe å kartleggje kva uutalt makt kvinna har. Eg ser på Døving sitt innlegg som eit forsøk på dette. Det som føl av dette, er at ein også må finne ut kva mekanismer, hjå begge kjønn, som opprettheld desse maktstrukturane. Det kan for kvinna vere ei førestilling om den priviligerte morsrolla i høve til barna, og for mannen førestillinga om at mannen skal gå ut i jobb - den siste antakelsen er basert på at berre 17 % av menn tek ut den permisjonen dei har rett til. Dette bringer oss over på det tredje poenget, som vi var borti i forrige mannsinnlegg - om mannsrollen.

Det vert sagt at vi lever i eit post-patriarkalsk samfunn, der den tradisjonelle mannsrollen har vore i oppløysing. Dette argumenterte eg imot i forrige mannsinnlegg. Eg vil no gå med på at ein har hatt ein tradisjonell mannsrolle som har ei normativ makt for korleis ein mannsidentitet skal vere utforma. Men eg held på poenget om at på sida av denne har det til alle tider eksistert mange variantar. Identitet og slikt er som kjent aldri enten/eller. For alt eg veit, kan Bowie vere ein skikkelig manssjåvinist samtidig som han er dandy. Det eg vil legge til, er at når ein spør etter mannsroller, og føl opp med at ein bør kunne restaurere dei tradisjonelle mannsdydene med positivt forteikn, så har ein jo bestemt seg for kva ein ser etter på førehand. Og eg må heilt ærlig seie, som mann, at eg er ikkje interessert i det heile i at nokon skal sitte å kome med normative utsagn på den måten der, om kva eg skal vere eller ikkje vere! Det finnast heilt sikkert ting i den tradisjonelle mannsrollen som er positivt, men kvifor køyre det fram som det vi treng? Det ein treng er jo meir å opne opp for å sjå på andre roller som positive. Kvifor vert Per Sundnes aldri drege fram som eit positivt mannsførebilde, for eksempel? Kvifor vert det ikkje løfta fram som ei dygd å kjempe for 50/50 barnepermisjon? Kvifor er det ikkje fleire enn "Foreningen to foreldre som kjempar for meir likestilling i saker som gjeld omsorg for barna etter skilsmisse (desse er jo i tillegg reaksjonære så det held)?

Ein vidare konklusjon er at ein her deler mange kampsaker med kvinnerøyrsla, der fleire har kjempa for opning av roller, og avkledning av makt. Om menn faktisk ønsker velkomen denne utviklinga, så bør dei overnevnte poenga vere ein del av det ein engasjerer seg for. Var det ikkje dette ein tenkte på, og ein fortset å framholde at ein manglar førebilete, og mannen er i krise, så har eg ein gryande mistanke om at dette er smerter i forbindelse med tap av makt.

Sol i Bergen: vi snakkar om været, og litt til.

Frå lesesalen ser eg over Store Lungården, opp i Kalfaret, og vidare opp mot Vidden. Dette er ikkje sjølvsagt: ofte ser eg knapt motorvegen til Danmarksplass. Men i dag ser dette som sagt annleis, og bak Vidden, som er dekt av snø, ser eg tilnærma blå himmel, berre dekt av ei snøbyge no og då. Det er deilig!

Ein skulle tru ein tur utav byen gjorde at ein kom tilbake med nye krefter, men eg, som ikkje har vore værsjuk i heile vinter, vart betenkt då eg landa i slapseskodda på Flesland forrige søndag. No er dette gløymt, og følelsen av at der framme ein stad er det fint vèr og vår etterkvart, breier seg. Kven skulle tru at dette påverkar framskrittet? Men det gjer det altså. Det snakkast, ikkje så mykje som det snakkast om været, men likefullt snakkast det, om framskrittet, som går så fort i dag. Eg sit i høgteknologi-senteret, og framskrittet burde her gå raskare enn nokon andre stader. I dag kjennest det ikkje slik ut. Faktisk vil eg driste meg til å påstå at akkurak i dag så kjennest det ut som om framskrittet står omtrent heilt stille. Iallefall mitt biddrag. Mitt biddrag har vikla seg fast i endelause tabellar over kjemikalier og bufferar, framgangsmåtar og vitskaplige artiklar, word-bugs og nettaviser. Iallefall i dag.

Eg håper og reiknar med at framskrittet har teke seg saman til 1. juni, då masteroppgåva skal leverast. Det kjem sikkert fleire fine dagar før den tid, men om eg skal verte ramma av hudkreft nokon gong, så vert det neppe dette semesteret.

Gjæsp.....